Detta enligt en granskning som Riksrevisionen gjort, som bland annat visar att stödet saknar tydliga mål, systematiska uppföljningar och riskanalyser.
Regeringen fattar årligen beslut om över 16 miljarder kronor i kärnstöd, enligt Riksrevisionen.
"Det är redan från början en svår uppgift att följa hur svenska biståndspengar bidrar till de multilaterala organisationernas resultat. Det gäller särskilt kärnstödet. Just därför är det viktigt med väl underbyggda beslut och ändamålsenliga uppföljningar. Tydliga mål och god uppföljning bidrar till effektivitet", säger riksrevisor Helena Lindberg i ett pressmeddelande.
Sida stöttar också multilaterala organisationer, med så kallat multi-bi-stöd. Riksrevisionen bedömer att Sidas arbete med detta "i huvudsak är ändamålsenligt".