Thunberg har åtalats tillsammans med 26 andra för störande av allmän ordning. Hon och andra demonstranter krokade arm utanför hotellet men fick föras bort av polis.
Thunberg omgavs av ett stort medieuppbåd när hon anlände till rätten Westminster Magistrates Court samtidigt som klimataktivister demonstrerade utanför domstolen för att visa solidaritet med de åtalade.
Under förhandlingen bekräftade Thunberg endast sitt namn, ålder, postadress och att hon ställer sig nekande till anklagelserna.
Fyra andra åtalade i ärendet infann sig i rätten samtidigt och förklarade även de sig oskyldiga.
Samtliga släppts fri mot borgen i väntan på rättegången som väntas inledas den 1 februari.
Om Thunberg döms riskerar hon böter på omkring 33 000 kronor.
Thunberg har varit i rätten flera gånger tidigare, men då i Sverige. Hon har dömts till dagsböter två gånger för ageranden vid olika klimataktioner.