Uppåt 40 brandmän deltog i släckningsarbetet. Räddningstjänsten fick förstärkning från flera stationer. Hjälp begärdes från Övertorneå, Överkalix, Råneå och även från Finland på andra sidan Torneälven, enligt Patrik Juhlin, inre befäl vid räddningstjänsten.
Larmet om branden kom vid 16.30-tiden på söndagen.
– Ordinarie styrka var på en skogsbrand, så det tog lite tid innan vi kunde mobilisera resurser till Pajala, säger Patrik Juhlin.
Byggnaden, som var cirka 100 kvadratmeter stor och låg mitt i samhället, förstördes helt. Den har fungerat som HVB-hem för ungdomar mellan 14 och 19 år.
Ett så kallat VMA, viktigt meddelande till allmänheten, utfärdades på grund av röken. Alla i området ombads stanna inomhus och stänga dörrar, fönster och ventilation. Ännu vid 21-tiden hade VMA:t inte dragits tillbaka.
Man befarade inledningsvis att omkringliggande byggnader hotades av branden, men på kvällen trodde sig räddningstjänsten ha förhindrat spridning, rapporterar SVT Nyheter Norrbotten.
Efterbevakning av brandplatsen väntas pågå hela natten.