45-tiden avbröts sökandet och ärendet överlämnades till polisen.
Händelsen inträffade strax före klockan 15 då en person på en brygga såg olyckan 200 meter ut i vattnet.
– Vi fick in ett larm från ett vittne som sett en vattenskoteråkare trilla av sin vattenskoter. Skotern låg kvar och körde i området, men vittnet tappade ögonkontakt med föraren, säger Lars Nilsson vid Sjö- och flygräddningscentralen.
Sökandet efter den försvunna mannen skedde med Sjöräddningssällskapets båtar, flera privatbåtar, Sjöfartsverkets räddningshelikopter och dykare.
– Vi var snabbt på plats och området är begränsat men vi lyckades ändå inte hitta den saknade, säger Lars Nilsson.
Mannen hade våtdräkt men saknade flytväst.