Den smittade mannen upptäcktes i den östra delen av landet, meddelar kongolesiska myndigheter och Världshälsoorganisationen (WHO). Han har sedan avlidit.
Det senaste fallet dessförinnan upptäcktes den 17 februari. I början av mars meddelades att den allra sista ebolapatienten i landet skrivits ut, varpå myndigheterna och WHO började räkna dagarna tills utbrottet formellt skulle anses vara över. Tidsgränsen för det hade passerats på söndag.
"Tyvärr innebär detta att regeringen inte kommer att kunna förklara att utbrottet är över, som man hoppats", skriver WHO-chefen Tedros Adhanom Ghebreyesus på Twitter.
Fler än 2 200 människor har fallit offer för ebolaviruset sedan detta utbrott – det tionde i landets historia – startade i augusti 2018. Smittbekämpningen har försvårats av att spridningen skett i de östra delarna, där flera rebellgrupper strider och myndigheterna har begränsad kontroll.
Enstaka fall i epidemiers slutskede är hyfsat vanliga och behöver inte nödvändigtvis innebära att smittspridningen tar nya tag.
"Våra arbetslag är, i samarbete med WHO, redan på plats för att genomföra ytterligare utredningar och vidta hälsoåtgärder", meddelar ebolaenheten vid Kongo-Kinshasas hälsodepartement.