Länderna i området, där 95 procent av världens alla malariadödsfall vanligtvis inträffar, får rådet att snarast möjligt fördela malariamediciner och förebyggande material som myggnät innan coronaviruset slår till fullt ut.
I värsta fall, om inga myggnät fördelas och tre fjärdelar av medicinerna uteblir, kan antal malariadödade stiga till cirka 769 000 i området i år, enligt WHO.
– Det skulle vara det högsta antalet döda som setts i regionen sedan år 2000, säger Matshidiso Moeti, WHO:s Afrikachef.
Antalet skulle också vara dubbelt så många som 2018, säger hon.