Ankringen kan bero på rådande väderlek, med grov sjö och hård vind.
– Vi fortsätter att följa dem. Vi har ett bra samarbete med våra grannländer och andra partner, säger Therese Fagerstedt, pressekreterare vid Försvarsmakten.
I förra veckan förde Moskva in ett antal ryska landstigningsfartyg i Östersjön. Därmed fanns totalt sex sådana fartyg i området, fler än normalt enligt försvaret. På tisdagen uppgav Försvarsmakten att samtliga sex hade lämnat Östersjöområdet.
De tre fartyg på onsdagen ankrade i Kattegatt tillhör ryska Nordflottan.
SMHI har utfärdat en varning för kulingvind på Kattegatt från onsdagskvällen. Natten mot torsdagen väntas vinden avta något
Beredskapsanpassningen med förstärkningar på bland annat Gotland påverkas inte av att fartygen lämnat Östersjön, enligt Försvarsmakten.