Masstestningen började i april och av 26 549 testade personer hade 107 antikroppar.
Baserat på resultatet beräknas fyra till fem procent av Tjeckiens befolkning vara immun, enligt hälsodepartementet.
– Inte ens i de mest påverkade platserna övertiger det fem procent, säger Ladislav Dusek, chef för Institutet för hälsoinformation och statistik, som tillhör hälsodepartementet.
I de två största städerna Prag och Brno är immunitetsnivån troligtvis ännu lägre, enligt studiens preliminära resultat.
Tjeckien, med sina knappt elva miljoner invånare, var en av de snabbaste nationerna i Europa att införa hårda rese- och gränsrestriktioner för att minska smittspridningen, och de flesta affärerna och restaurangerna stängdes i mars.
Landet ska snart sakta börja öppna upp igen och resultaten från studien kommer inte att påverka den planen, enligt hälsominister Adam Vojtech.
Runt 7 900 personer har bekräftats smittade med coronaviruset i Tjeckien, vilket är mycket lägre än många av grannländerna i väst. 258 personer har dött.