Konkurrensprövningen inleds sedan myndigheter i Norden, Storbritannien och Österrike bett kommissionen pröva ärendet.
Det var i augusti i fjol som Mastercard meddelade att man gjort upp om att köpa den berörda verksamheten av betaltjänstkoncernen Nets för motsvarande 29 miljarder kronor.
Nets, med säte i Danmark, har omkring 4 100 anställda i 20 europeiska länder. Bolaget tillhör de allra största aktörerna inom betaltjänster i Europa med avtal med över 700 000 butikskunder, varav 140 000 har försäljningen online. Nets säljer även företagstjänster till 260 000 företag.