Mannen greps, tillsammans med ytterligare en man, på söndagen i Vetlanda. De båda männen var kända av polisen sedan tidigare och anhölls till en början misstänkta för människorov.
Nu har den ena mannen, som är i 20-årsåldern, häktats av Eksjö tingsrätt. Han är dock inte längre misstänkt för människorov utan för våldtäkt mot barn. Den andra mannen har försatts på fri fot.
Brotten ska ha begåtts i en lägenhet i Vetlanda under några dagar förra veckan. Flickan är omhändertagen, rapporterar P4 Jönköping.
Varför brottsrubriceringen har ändrats kan kammaråklagare Jacob Tunborg inte avslöja.
– Jag kan inte svara på det utan att gå in på detaljer. Men det är med anledning av utredningsåtgärder som vi vidtagit som vi har omvärderat rubriceringen, säger han till Vetlanda-Posten.
Den häktade mannen förnekar brott, enligt tidningen.