Larmet kom in till polisen strax efter klockan 10. Mannen, som är i 25-årsåldern, var talbar när han fördes till sjukhus med ambulanshelikopter. Polisen bedömer skadorna som allvarliga men inte livshotande.
Enligt polisen tyder mycket på att mannen inte skjutits i bostaden.
– Vi har hittat blod i trappuppgången vilket tyder på att han har tagit sig in trapphuset och upp i lägenheten där vi sedan hittade honom, säger polisens presstalesperson Ola Österling.
En förundersökning om mordförsök och grovt vapenbrott är inledd.
Totalt har sex misstänkta personer gripits, på två olika platser i Stockholms norra förorter, säger polisens presstalesperson Ola Österling.
Enligt Österling kan mordförsöket vara gängrelaterat.
– Mycket talar för det i nuläget och vi håller på med en kartläggning av de inblandade individerna.