Enligt barnens offentliga biträde uppvisar de "allvarliga traumasymtom" och har ett omfattande behandlingsbehov, rapporterar Göteborgs-Posten.
Barnen omhändertogs direkt av socialtjänsten när de tillsammans med mamman återvände till Sverige i oktober. Förvaltningsrätten har nu fastslagit att barnen ska vårdas inom ramen för lagen om vård av unga, LVU.
Kvinnan, som står under utredning för grova krigsförbrytelser, brott mot mänskligheten och folkmord, reste till Syrien 2013 och återvände i år efter att ha blivit utvisad av det kurdiska självstyret, som såg henne som ett säkerhetshot.
Via sin advokat Mikael González nekar kvinnan, som varit gift med tre IS-terrorister, till att hon själv skulle ha varit en del av terrorsekten.
– Hon har helt enkelt varit ett offer i den här situationen, ett offer för Islamiska staten kan man säga, säger González till GP.