Pojken var placerad på ett HVB-hem av Nässjö kommun som nu ska utreda händelsen, skriver P4 Jönköping.
– Pojken hade utsatts för kraftigt våld, men jag kan inte gå in på vilken typ av våld det är fråga om, säger åklagare Hanna Cardell som leder mordutredningen, till Svenska Dagbladet.
Pojken hittades nära landsväg 73 i ett skogsparti i höjd med Landfjärden på lördagskvällen.
Enligt Sveriges Radio, som har varit i kontakt med pojkens familj, är han hemmahörande i Jönköpings län och hade när han hittades varit försvunnen i en knapp vecka.
Ytterligare en person är anmäld försvunnen och eftersöks av polis i Stockholmsområdet, men det är ännu inte klarlagt om försvinnandet har någon koppling till mordet, enligt Åklagarmyndigheten.
– Polisen arbetar intensivt med att försöka hitta den här personen, säger Hanna Cardell till TT.
Rättad: I en tidigare version fanns en felaktig uppgift om pojkens placering.