Nu åtalas en 18-årig man, som också färdades i bilen, vid Södertörns tingsrätt misstänkt för mord och grovt vapenbrott.
Skjutningen inträffade på eftermiddagen den 20 oktober förra året i Björktunneln, den del av Södra länken som leder upp till Gullmarsplan i södra Stockholm.
Ytterligare två medpassagerare greps och häktades misstänkta för brottet, men under utredningens gång har de frigivits och är inte längre misstänkta.
– Den tekniska bevisningen visar att skotten avlossas från höger baksäte, och där sitter den nu åtalade mannen, säger åklagare Daniel Jonsson.
18-åringen nekar till mord, men medger att han höll i vapnet då skotten avfyrades.
Samtliga inblandade är hemmahörande i Eskilstuna och kända av polisen där sedan tidigare.
Utredningen har inte kunnat visa på något motiv för mordet.
Den avlidne mannen ingick dock i en kriminell kontext i Eskilstuna och har utsatts för flera våldsdåd tidigare, säger Daniel Jonsson.
– Det har funnits en hotbild mot honom, säger han.