– Jag säger att de har varit anförare och bidragit till att upploppet hände, säger kammaråklagare Fredrik Berglund till TT.
De tre männen förnekar brott, enligt åklagaren.
Totalt omhändertogs drygt 30 personer i samband med oroligheterna.
Upploppet följdes i söndags av ett skottdåd i Hjällbo, där en man i 45-årsåldern sköts ihjäl och flera andra personer skadades.
En ung man sitter anhållen, misstänkt för mord, mordförsök och grovt vapenbrott.
Polisen tror att oroligheterna och skottlossningen hänger ihop, och att två nätverk hamnat i konflikt med varandra.