Polisen larmades om brottet vid 01-tiden natten mot måndag, efter att mannen själv tagit kontakt med några vakter.
– Brottsoffret ska ha tagit sig från platsen till en tunnelbanestation på Södermalm och pratat med ordningsvakter, som i sin tur har larmat polisen, säger Anna Westberg, presstalesperson hos polisen.
Mannen i fråga är en ung vuxen.
– Han fördes till sjukhus enligt de rutiner som finns, säger Anna Westberg.
Polisen vill inte gå in på mer detaljer i ärendet i nuläget.
Händelsen rubriceras som våldtäkt. Ingen person har gripits.