En spridning i de så kallade favelorna skulle kunna få allvarliga konsekvenser på grund av trångboddheten, svårigheterna att hålla rent och bristen på sjukvård.
– Vi måste förstå att det här är områden där staten ofta är frånvarande och de som styr är droghandlare och milisgrupper, säger Luiz Henrique Mandetta under en presskonferens.
– Hur bygger vi broar till dem? Genom att samtala – ja, med droghandlare, med miliser, för de är också människor och de behöver hjälpa till.
Myndigheterna har inlett ett sådant projekt på försök i en av favelorna, enligt hälsoministern, som inte går in på vilket område det handlar om.
Det bor uppskattningsvis elva och en halv miljoner människor – sex procent av befolkningen – i Brasiliens favelor. Fattigdomen är utbredd och gatustrider bryter regelbundet ut mellan beväpnade gäng och polis.