Polisen var snabbt på plats och kunde släcka branden med pulversläckare, skriver SVT Stockholm.
– Det är jättetråkigt att det finns personer som gör sådant här. Själva meningen med handlingen är väl att provocera, säger Jerker Alsterlund, kyrkoherde i Spånga-Kista församling, till SVT.
Det är inte första gången Spånga kyrka, som är från 1100-talet, attackeras. Senast i onsdags kastades tre molotovcocktails mot kyrkan, flera fönster gick sönder men ingen skadades.
– Vi tittar på vad som har kastats in och om nattens händelse har ett samband med den som skedde för fyra dagar sedan, säger Eva Nilsson vid Stockholmspolisen till SVT.
Brottet rubriceras som mordbrand.