Anklagelserna kommer från en specialdomstol som inrättades i nederländska Haag 2015 för att utreda misstänkta krigsbrott.
Anklagelserna riktas mot Thaçi, tidigare talmannen Kadri Veseli och ytterligare namngivna personer och rör bland annat mord, tortyr och bortföranden. Brotten ska ha begåtts under gerillakriget som Kosovos frihetsarmé (UCK) förde.
Thaçi säger att han inte tänker avgå förrän domstolen bekräftar att han ska ställas inför rätta.
– Jag må ha gjort politiska misstag i fredstid, men krigsbrott, aldrig! sade han i ett tv-sänt tal.
Åklagare anser sig ha bevis för att Thaçi bär ansvar närmare 100 mord. Men en domare säger att det kan ta flera månader att utreda om anklagelserna räcker för att ställa Thaçi inför rätta.