"Rasism är ett brott", säger ministern för mänskliga rättigheter i ett uttalande.
Neymar fick rött kort efter att ha slagit till Marseilleförsvararen Álvaro González, som brasilianaren anklagade för att ha kränkt honom genom att kalla honom för jävla apa.
I dag väntas den franska ligan komma med besked om bestraffning mot spelarna.
Neymar har ångrat sin knytnäve, men vidhåller sin rasismanklagelse. Och han får stöd av den brasilianska ministern för mänskliga rättigheter.
"I ljuset av ännu ett fall av rasism som kommit upp till ytan visar ministern för kvinnor, familj och mänskliga rättigheter sin solidaritet med spelaren Neymar Jr. Rasism är ett brott", säger ministern i uttalandet.
Brasiliens president Jair Bolsonaro har också retweetat Neymars version av händelsen.