Åklagare anklagar den 45-åriga artisten för att ha undanhållit inkomster på 14,5 miljoner euro från det spanska skatteverket mellan 2012 och 2014.
Enligt åklagarna flyttade Shakira till Spanien 2011, men behöll sin skattehemvist på Bahamas fram till 2015.
Försvaret hävdar i sin tur att hon flyttade till Spanien på heltid först 2015, och därför inte var skatteskyldig i landet förrän då.
En domstol i Barcelona avslog på torsdagen sångerskans överklagan med hänvisning till att det underlag hon lämnat in för att styrka sin sak varit otillräckligt.
Det är nu upp till åklagarsidan att väcka åtal.
Mycket talar för att så blir fallet, men enligt spanska El Pais finns fortfarande möjligheten att parterna når en uppgörelse om böter för att undvika rättegång.
Stjärnans advokater säger i ett uttalande att hon "alltid skött sina skatteåtaganden fläckfritt i de länder där hon varit skatteskyldig".
Shakira, vars fullständiga namn är Shakira Isabel Mebarak Ripoll, har sålt över 60 miljoner album världen över.