Vinnarfilmen utses av universitetsstudenter i 25 europeiska länder och "Flykt" är en av de svenska samproduktioner som hade nominerats inför årets gala.
Den animerade dokumentären skildrar pojken Amins flykt från Afghanistan på 1980-talet till Danmark.
"Jonas Poher Rasmussen film reder ut Amins minnen när han avslöjar sin berättelse om flykten från Afghanistan och uppväxten som öppet homosexuell i Danmark", skriver juryn i sin motivering.
"Flykt" har också valts ut att tävla för Danmark i kategorin Bästa internationella film på nästa års Oscarsgala.
European Film Awards hålls den 11 december i Berlin, och enbart nominerade, pristagare och presentatörer får närvara på plats. Alla ska dessutom vara dubbelvaccinerade eller tillfrisknade och testade.