Under medeltiden var Norrköping en ganska obetydlig småstad och överhetens engagemang var kopplat till inkomsterna från kvarnar och fiskeplatser i Strömmen.
Förmodligen var representanter för staden med och valde den nye kungen i Strängnäs. Vid reformationsriksdagen 1527, då Gustav Vasa bröt kyrkans maktställning, är för första gången Norrköpings riksdagsmän kända till namnet: Ragvald Olsson och Birger Nilsson.
Senare samma år besökte Gustav Vasa Norrköping som just hade brunnit. Kungen beslutade att de borgare som drabbats skulle slippa skatt till kronan under fyra år. Den ovanligt långa skattebefrielsen tyder på att situationen i staden var svår.
Gustav Vasa utfärdade inga nya stadsprivilegier för Norrköping utan bekräftade i stället vid tre tillfällen 1525–1538 kung Albrekt av Mecklenburgs privilegiebrev. Liksom Albrekt fick Gustav ingripa i gränstvister mellan stadsborna och bönderna.
Kungen kom att vistas allt oftare på Stegeborgs slott och där föddes hans andra son, Johan. På vägen dit passerade han Norrköping. ”Med sin blick för realiteter såg han den lilla stadens möjligheter”, skrev Arne Malmberg i boken Stad i nöd och lust.
Gustav Vasa konfiskerade kyrkornas silverskatter och 1540 var det Östergötlands tur. S:t Johannes förlorade föremål som vägde drygt 5 kilo och S:t Olai ungefär 3,5 kilo. Kvar blev enbart varsin nattvardskalk och oblatask samt i Olai kyrka även brudkronan.
Gustav Vasas utnämnde 1544 magister Claes Botvidi till präst i båda församlingarna i Norrköping och 1555 beslutade kungen om en permanent sammanslagning. S:t Johannes blev en annexförsamling med en komminister underställd kyrkoherden i S:t Olai och så skulle det förbli ända till 1879. En av prästgårdarna blev överflödig i den nya organisationen och den skulle komma till användning senare.
Gustav Vasa tog en rad initiativ till att stimulera handel och produktion i Sverige. För att hantera kronans stora naturainkomster inrättades spannmålsmagasin, så kallade kronoprovianter. Senast 1547 fanns ett ”kronans varuhus” här. Detta innebar troligtvis en välbehövlig stimulans för handeln i Norrköping.
Att varumagasinet placerades i Norrköping och inte i Söderköping, som var en landets viktigaste hamnstäder, kan bero på att den ökande exporten från bergsbruket i norra Östergötland gick via Norrköping.
Av ännu större betydelse var att staden fick en kungsgård på 1550-talet. Den ingick i Gustav Vasas storskaliga avelsgårdsprojekt med kungliga mönsterjordbruk som skulle ha både administrativa och representativa funktioner.
Huvudbyggnaden i Norrköpings gård var S:t Olai gamla prästgård, som låg där Tyska torget ligger i dag. Jordbruket bedrevs från kungsladugården som placerades länge österut, strax bortom dagens Hamnbron. Under slutet av 1550-talets tillkom en rad nya ekonomibyggnader, bland annat murades skorstenar och bryggpannor av 12 000 tegelstenar som togs från Krokeks kloster. Utmed Strömmen byggdes en lång träkaj.
Kungsgården tillfördes enorma markområden i huvudsak öster om staden, bland annat hela den gamla Ledungshammars by vid Sylten och därtill mängder av kvarnar, fisken och åkrar som tidigare hade tillhört kyrkor och kloster.
I början av 1560-talet arbetade omkring 130 personer på kungsgården och ungefär en femtedel av dem var pigor och drängar. Gården användes även som natthärbärge av hovet och kungliga gäster på resa genom landet.
Norrköpings gård förstördes när staden stacks i brand inför en förestående dansk attack 1567. När Johan III återuppbyggde kungsgården uppgraderade han den till renässansslottet Norrköpingshus.
Arkeologen Peter Carelli har i sin bok En synnerligen vacker och blomstrande stad studerat de brev som Gustav Vasa skrev i Norrköping. Under hans tidiga regeringsår var besöken få, men på 1540-talet märks ett ökat kungligt intresse. Staden besöktes därefter i stort sett årligen, från någon dag till drygt en vecka per gång. Besöken sammanföll med uppbyggnaden av Norrköpings gård. ”Troligen var det genomförandet av detta projekt som primärt lockade kungen till staden”, skriver Carelli.
När kung Gustav avled den 29 september 1560 tillföll Norrköpings stad, gård och laxfiske hans tredje son, hertig Magnus av Östergötland. Norrköping blev även – liksom de flesta andra städer – ihågkommet i det kungliga testamentet genom gåvor till kyrkan, skolstugan och hospitalet.