Förlusten på 329 miljoner pund lyfter den totala pandemismällen för den brittiska storflygplatsen till nästan 2,4 miljarder pund (motsvarande 28 miljarder kronor).
Antalet passagerare som använde Heathrowflygplatsen under första kvartalet rasade med 91 procent jämfört med motsvarande kvartal i fjol till 1,7 miljoner.
Heathrow har under pandemin förlorat positionen som Europas största flygplats till Paris och räknar för helåret med att 13-36 miljoner passagerare använder flygplatsen. Det kan jämföras med 2019, året före det att pandemin bröt ut, då antalet vare uppe i 81 miljoner.
Heathrow ägs av en grupp investerare, däribland spanska Ferrovial, en investeringsfond från Qatar och en annan från Kina.
Aktien i Ferrovial, som även äger annan infrastruktur och transportanläggningar, stiger med 1,8 procent på Madridbörsen efter rapporten.