Vid stängning hade Nikkei 225-index backat 0,4 procent medan det bredare Topix-index i sin tur var oförändrat.
Investerare bedöms nu avväga dels den ökade smittspridningen i Europa och USA samtidigt, dels det faktum att ett flertal japanska bolag nyligen redovisat starka kvartalsrapporter och landet i sig i nuläget inte alls är drabbat i samma utsträckning av coronapandemin som stora delar av övriga världen.
Bland bolagen som lyft sina prognoser nyligen märks Sony och industrikonglomeratet Hitachi. De båda steg 6,7 respektive 4,3 procent under torsdagens handel.
På Seoulbörsen sjönk Kospi-index med 0,8 procent medan Taiwanbörsen föll med 1,0 porcent. I Hongkong är Hang Seng-index ned 0,4 procent i sluthandeln medan kompositindex i Shanghai stiger med 0,4 procent.