Merparten passerar under dagen men drygt 40 kommer att ta transportleden på kvällen, enligt myndighetens chef Osama Rabie.
När 400 meter långa Ever Given kom loss i måndags hade det blockerat kanalen i nära en vecka. Det krävdes ett enormt grävarbete och bogserbåtar för att få loss fraktfartyget och stoppet resulterade i att 422 fartyg låg på kö i båda ändar av kanalen.
Det är Rabies förhoppning att fartygsstockningen ska vara löst på tre-fyra dagar.
Egyptens president Abd al-Fattah al-Sisi säger att grundstötningen har satt fokus på hur viktig farleden är för global handel.
– Vi hade inte hoppats på något som detta, men ödet arbetade på egen hand. Det visade och bekräftade verkligheten och kanalens betydelse, säger al-Sisi.