Produktchefen Neal Mohan kommer att ta över jobbet som chef för medieplattformen, rapporterar CNBC.
Amerikanskan Wojcicki, som varit vd för Youtube sedan 2014, säger att hon kommit överens med moderbolaget Alphabets vd Sundar Pichai om att ta på sig en rådgivande roll vid Google och Alphabet.
"I dag, efter nästan 25 år på bolaget, har jag bestämt mig för att ta ett steg tillbaka från min roll som chef för Youtube och starta ett nytt kapitel där jag fokuserar på min familj, hälsa och personliga projekt som jag brinner för", säger Wojcicki i ett uttalande.