"Den tyska ekonomin skakar av sig coronakrisen", säger Clemens Feust, chef för Ifo i en kommentar.
Ifo-index lyfte till 101,8 i juni från 99,2 i maj. Ekonomer hade räknat med ett index på 100,6, enligt en Reutersenkät.
Tysklands förbundskansler Angela Merkel sade under onsdagen att landet står inför en stark ekonomisk återhämtning efter att ha tagit del av en färsk positiv prognos från tyska centralbankschefen Jens Weidmann.
Tyska Bundesbank räknar med att vara tillbaka på nivåerna före pandemin under nästa kvartal och räknar med en BNP-tillväxt på 3,7 procent i år.
Men Ifo lyfter också osäkerheten kopplat till smittspridningens utveckling och den så kallade deltavarianten.