Störningen varade i 1,5 timme på fredagseftermiddagen.
"Grundorsaken till störningen är ännu inte fastställd", skriver Sofia Sjöman Wass, pressansvarig, i ett pressmeddelande.
Tidigare i veckan utsattes en av Systembolagets underleverantörer för en it-attack, vilket skapat risk för varubrist på hyllorna. En risk som ökar för varje dag problemet kvarstår.
– Det arbetar man för fullt med. Det är fortfarande förhoppning om det ska fungera med leveranser inom några dagar, sade Systembolagets presschef Katinka Wall tidigare under fredagen.
Omkring 15 procent av Systembolagets försäljningsvolym kommer från den drabbade underleverantören.