Det handlar bland annat om brister i dokumentation, bristfällig uppskattning av värdet på upphandlingar och avsaknad av systematisk avtalsuppföljning för direktupphandlingar, skriver Konkurrensverket i ett pressmeddelande.
Granskningen har i huvudsak skett genom stickprov av olika upphandlingar och avtal som har rört Trafikverkets arbete med bygget av motorvägen Förbifart Stockholm.
Bristerna försvårar för myndighetens att hantera sina inköp i enlighet med lagen om offentlig upphandling (LOU), konstaterar Konkurrensverket.
Bristerna kommer dock inte att leda till ytterligare åtgärder, mer än att de kan komma att påverka Konkurrensverkets framtida tillsyn av Trafikverket.
"Konkurrensverket förutsätter att Trafikverket, i den mån det inte redan skett, vidtar de åtgärder som krävs för att säkerställa att upphandlingsregelverket följs", skriver Konkurrensverket.