Ett år tidigare, i september 2020, låg överskottet på 24,1 miljarder euro.
Analytiker hade dock räknat med en ännu större nedgång för överskottet i september i år, till 6,5 miljarder euro enligt en Reutersenkät.
Underskottet i handeln med Ryssland, som är störst när det gäller export av olja och gas till euroländerna, lyfte till 43 miljarder euro under årets första nio månader, en ökning från 13 miljarder under samma period i fjol.
Överskottet i handeln med olje- och gaslandet Norge, som i september i fjol låg på 4,1 miljarder euro, vändes samtidigt till ett underskott på 4,4 miljarder euro.