I Malmö med omnejd backade bostadsrättspriserna med 1,5 procent. I Storgöteborg var nedgången 0,4 procent och i Storstockholm sjönk priserna med 0,1 procent. I övriga delar av landet fortsatte priserna uppåt, mest i mellersta Sverige.
"Prisutvecklingen på lägenheter i våra storstäder under juni bekräftar den tendens vi sett under ett tag om att vi nu nått upp till en smärtgräns", säger Robert Boije, chefsekonom på SBAB, i en kommentar.
Villapriserna fortsatte uppåt i både Malmö och Göteborg samt i Mellersta och Norra Sverige. Prisuppgången var störst i Norra Sverige, upp 2,3 procent i juni.
I Storstockholm föll dock huspriserna med 1,6 procent och i Södra Sverige var nedgången 0,9 procent.