Beslutet är taget av Patent- och marknadsöverdomstolen efter ett överklagat avgörande.
Arla har medgett det otillåtna samarbetet, men hävdat att företaget ska slippa att betala avgiften då information och bevis om överträdelsen lämnats till verket.
Domstolen har särskilt prövat betydelsen av att Konkurrensverket redan hade krävt att Arla skulle lämna uppgifterna. Bedömningen är att det saknas skäl till så kallad eftergift om uppgifterna inte lämnats av bolaget på eget initiativ, skriver verket i ett pressmeddelande.
"Domen visar att det är viktigt att företag är proaktiva och självmant träder fram och avslöjar en överträdelse eller lämnar avgörande bevisning för att komma i fråga för eftergift. Det understryker vikten av att inte vänta med att upplysa Konkurrensverket om en överträdelse", säger verkets generaldirektör Rikard Jermsten i texten.
Domen går inte att överklaga.